Cette période est documentée dans l’ouvrage d’Elizabeth Cazenave sur la vie artistique algérienne au temps de la colonisation française. Charles Labbé, architecte prix de Rome et premier directeur de l’Ecole est aussi connu comme peintre, ami de Fromentin. Le décret commandant la création d’une Ecole nationale place celle-ci sous la tutelle du ministère de l’Instruction publique et des Beaux-Arts et organise les enseignements de façon précise, comme le souligne l’article d’Hellal Zoubir, sur l’histoire de l’Ecole. Il précise notamment les différentes divisions pédagogiques. La première division des enseignements est celle du dessin à main levée, d’éléments d’architecture. La deuxième est consacrée à plusieurs domaines : le dessin d’architecture et d’ornement, l’anatomie, l’histoire de l’art et l’archéologie. Enfin dans la troisième  division sont enseignés l’architecture, la peinture, la sculpture et des cours de mathématique. Le projet de Charles Labbé est celui d’une école nouant des relations fortes avec les institutions régionales et préparant les étudiants aux concours des écoles parisiennes.

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 En 1901, l’Ecole déménage dans le quartier de la Marine, dans la mosquée « El Kechkhech », au cœur d’un quartier dont une grande partie sera détruite en 1954.

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Jusqu’en 1940, l’Ecole garde une certaine indépendance par rapport à l'Ecole nationale des Beaux-Arts de Paris. C’est au début de la Seconde Guerre mondiale que les liens se resserrent ; en 1948, l’Ecole d’architecture est créée au sein même de l’Ecole des Beaux-Arts.

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Auparavant, en 1945, le maire d’Alger a acquis l’emplacement de l’Ecole actuelle et mis en place un grand concours international pour la construction d’un nouveau bâtiment. En 1954, Léon Claro (architecte notamment de la Villa du Centenaire dans la Casbah en 1930, de l’hôpital néo-mauresque de Tizi-Ouzou de 1958 à 1964, et du bâtiment de l’UGTA place du 1er Mai en 1935) est choisi : il bénéficie du concours de son élève, Jacques Darbeda pour cette nouvelle commande. L’emplacement choisi surplombe le parc de la Liberté, à l’époque parc Galland  (aujourd’hui Zyriab) et offre une vaste vue panoramique sur la mer. En 1954, un nouveau bâtiment est construit suite au concours international d’architecture. Cet édifice, très marqué par le style moderniste, est celui que nous connaissons aujourd’hui. A l’aube de la guerre d’indépendance, l’Ecole dispose donc de nouveaux locaux.

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Cette même année, est engagée une grande réforme de l’enseignement artistique ;  l’inspecteur général Georges Fontaine crée le CAFAS (Certificat d’Aptitude à une Formation Artistique Supérieure) qui ouvre aux étudiants algériens les portes des écoles françaises comme celles des Beaux-Arts ou des Arts Décoratifs. Est aussi créé un diplôme en un an, le DNBA, Diplôme national des Beaux-Arts, permettant à ses titulaires d’enseigner. Une des grandes volontés de Georges Fontaine est la formation de nouveaux enseignants en art.  L’admission se fait sur concours.