Le conflit débouche, après les accords d'Évian du 18 mars 1962, sur l'indépendance de l'Algérie le 3 juillet suivant, marquant le  terme d’un long conflit de huit ans et de 130 ans de colonisation.  De 1962 à 1970, l'École porte le nom d’Ecole nationale d’Architecture et des Beaux-Arts (ENABA).

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A l’Indépendance, l'École porte les séquelles physiques de la guerre : elle a été plastiquée et certaines parties de l’aile ouest, en mauvais état, doivent être réaménagées, nous apprend l’article wikipédia sur l’Ecole. De plus, le système même d’Ecole des Beaux-arts est un héritage colonial issu du système académique français. Pendant un an, l’Ecole est fermée et les cours n’y ont plus lieu. Peu à peu, cependant, le pays met en place son propre système administratif. Ces changements de société ont un impact sur la gestion de l’école, qui passe sous la tutelle du ministère de l’Education nationale algérien, mais reste artistiquement liée à l’Ecole des Beaux-Arts de Paris. L’ENABA, comme on la désigne à cette période, a la particularité d’être aussi un lieu d’enseignement de l’architecture. Tous les enseignements artistiques se trouvent donc dispensés au même endroit et divisés en trois grandes sections distinctes : l’architecture, les beaux-arts et les arts appliqués ou « arts musulmans ».

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A la réouverture de l’Ecole, le peintre Bachir Yellès est nommé directeur. La première rentrée scolaire de l'Algérie indépendante a lieu le 15 novembre 1962. Cette première promotion qui compte 80 élèves au total permet de donner un nouveau visage à la scène artistique algérienne. Presque aucun des nouveaux élèves n’est en effet diplômé. C’est le début d’une logique qui persiste plusieurs années dans les critères de sélection d’entrée à l’Ecole : la réussite au concours d’admission est le seul préalable pour l’intégrer. De fait, Hellal Zoubir précise que, jusqu’en 1985, aucun diplôme n’est requis, mais le talent et la sensibilité artistiques sont privilégiés.

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Jusqu’en 1964, on retrouve des figures déjà présentes au temps de la colonisation, comme on peut le voir dans l’article wikipedia sur l’Ecole. Étienne Chevalier est toujours professeur de dessin tandis que Léon Claro dispense des cours d’architecture. Des figures majeures des arts appliqués comme Ali Ali-Khodja ou Mohammed Temmam poursuivent également leurs carrières d’enseignants. De 1964 à 1966, le peintre M'hamed Issiakhem, enseigne la peinture et fait souffler un vent nouveau typique de la période post-indépendance. Ces nouvelles tendances s’illustrent par la création en 1963 de l’UNAP (Union Nationale des Arts Plastiques). Le premier anniversaire de l’Indépendance, le 1er novembre 1963, est célébré par l’exposition Peintres algériens qui réunit toute la scène artistique algérienne : Mohammed Ranem, Mohammed Racim, Ali Ali-Khodja, Choukri Mesli … La création de l’UNAP  illustre la vitalité artistique de l’époque.