Le décret du 27 octobre 1985 transforme l'École nationale des Beaux-Arts en Ecole supérieure des Beaux-Arts. Elle est alors sous la double tutelle des Ministères de la culture et de l’Enseignement supérieur. Désormais, l’obtention préalable d’un diplôme, le baccalauréat, est nécessaire pour pouvoir prétendre au concours, sauf pour 5% des demandes qui sont acceptées si les qualités et la sensibilité artistiques du futur élève sont reconnues par le jury.

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L'ESBA propose des formations d'une durée de cinq ans en peinture, sculpture, céramique, miniature, design graphique et design d’aménagement. Ces deux dernières disciplines sont de plus en plus plébiscitées par les étudiants qui y voient une filière professionnellement prometteuse. Un diplôme d'études supérieures artistiques dans la filière étudiée sanctionne les études à la fin du parcours.

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Le début de la période est marqué par la direction d’Ahmed Asselah. Sa défense inconditionnelle de l’art comme moyen d’expression libre fait monter les tensions dans l’Algérie des années noires. En 1994, il est assassiné au sein même de l’établissement, ainsi que son fils. Mohammed Djehiche prend alors sa succession comme directeur de l’école qu’il dirige pendant dix ans (de 1994 à 2000 puis de 2002 à 2006). Entre ces deux périodes, c’est Mustapha Bouamama qui assure la relève ; ce dernier est redevenu directeur depuis 2015.

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Au début de la période, Kamel Yahiaoui et le caricaturiste Ali Dilem sont élèves à l’Ecole. Entre 1990 et 1994 c’est Adel Abdessemed, aujourd’hui mondialement reconnu et entré dans des collections de musées et de particuliers prestigieux, qui fréquente les bancs de l’école.